Юстайн Гордер е роден на 8 август 1952 година в столицата на Норвегия, Осло. Баща му е бил директор на училище, а майка му - учителка и автор на детски книжки. Той завършва Университета в Осло, където изучава скандинавска литература, теология и философия. Гордер започва да пише през 1974 година и участва в написването на учебници по философия и богословие. През 1981 година той заедно със семейството си се премества в Берген, където няколко години преподава философия.
През 1986 година Гордер публикува първата си художествена книга Диагнозата и други разкази. В нея са включени ранните разкази на писателя. В тях той обръща внимание на теми, които по-късно блестящо развива в своето творчество - философията на живота и смъртта, тайнствената природа на човека, тайните на творчеството и любовта. През 1990 година Гордер публикува романа си Мистерията на пасианса, който е възприет изключително добре както от читателите, така и от критиката. Той печели наградата на литературните критици на Норвегия през 1990 година и на Министерството на културата на Норвегия. Книгата съдържа фантастични елементи и разказва за живота на 12-годишното норвежко момче Ханс Томас, който заедно с баща си заминава за Атина да търси майка си, която преди години изоставя семейството си и се превръща в известен фотомодел. От самото начало на пътуването с тях започват да се случват тайнствени неща... Романът Светът на Софи писателят публикува през 1991 година, като той се смята за най-успешното му произведение. В продължение на три години книгата оглавява списъка на националните бестселъри на Норвегия, преведена е на над 53 езика в 45 страни по света, като тиражът ѝ достига около 30 милиона копия (само в Германия са продадени над 3 милиона екземпляра). Романът е отличен с наградите Deutscher Jugendliteraturpeis (1994 г.) и Premio Bancarella (1995 г.), също така има две успешни екранизации през 1999 и 2000 година (филм и сериал), като сценарист и на двете продукции е самият Гордер. Освен това книгата е претворена в мюзикъл и компютърни игри. Романът е адресиран предимно към деца, но би бил интересен и на възрастните. Това е една завладяваща история за развитието на сложната наука философия, която авторът по достъпен начин разказва на едно 14-годишно момиче. Младата Софи получава писмо от непознат мистериозен философ, с което започва нейното пътуване във вълнуващия свят на философията. Невероятният успех на романа позволява на писателя изцяло да се отдаде на литературната си дейност. Така през 1996 година се появява книгата Vita Brevis, която представлява писмо на възлюбената на Аврелий Августин - Флория, което според автора е намерено в Аржентина и всъщност се явява препис от края на XVII век. Тази трогателна любовна история, написана от името на една невероятна жена, донася на автора световна слава и го превръща в един от най-четените съвременни норвежки писатели. Публикуваният през 2001 година роман Продавачът на истории, подобно на предходните книги на автора, също придобива голяма популярност. Героят на книгата, известен с прозвището Паякът, практикува доста странен занаят, а именно снабдява писателската общност със сюжети за книги, които те впоследствие представят за свои. Той крие самоличността си и винаги остава в сянка, докато един ден съдбата не му поднася неочакван сюжет... Две години по-късно е издаден романът Портокаловото момиче (2003 г.), който се явява един вид книга в книгата, тъй като историята в нея се разказва от двама души. Момче, на име Грег, чува гласа на своя баща, единадесет години след смъртта му. Книгата е екранизирана през 2009 година.
През 1997 година Гордер и съпругата му създават Sophia Award, която се присъжда ежегодно за постижения в областта на екологията и развитието на околната среда. Нейният паричен еквивалент е около 100 хиляди долара. През 2005 година писателят е награден с Кралския норвежки орден Св.Олаф, а в края на същата година той получава почетна степен от Тринити Колидж (Дъблин, Ирландия). Към днешна дата Юстайн Гордер живее в Осло, заедно със съпругата си Сири Даневиг и двамата им сина.
